EMDR wirkt auf die neuronalen Bahnen im Gehirn. Durch bilaterale Stimulation werden beide Hirnhälften in Bezug auf ein traumatisches Ereignis aktiviert und synchronisiert. Traumatische Erlebnisse sind im Gehirn in blockierten bzw. unvollständig integrierten Erinnerungsnetzwerken verankert. Sie sind so abgespeichert, wie sie zum Zeitpunkt des Ereignisses erlebt wurden.
Bei EMDR kommt es zu einer Neubearbeitung dieser „eingefrorenen“ Erinnerungen mit dem Ziel spürbarer und sichtbarer Entlastung auf der Körper-, Gefühls- und Empfindungsebene.
EMDR gilt heute als ressourcenorientierte Methode, die neuronale Veränderungen bewirkt und damit Entwicklungs- und Selbstheilungsprozesse in Gang setzt. Mit EMDR wird nicht nur eine beschleunigte Verarbeitung belastender Erinnerungsfragmente ermöglicht, sondern auch eine kognitive Umstrukturierung, d.h. eine Neubewertung des Erlebnisses sowie eine veränderte Einstellung zu sich selbst und den eigenen Ressourcen.